Changes between Version 2 and Version 3 of openEHR Models, Archetypes and Biomedical Ontologies
- Timestamp:
- Aug 5, 2007, 1:10:43 AM (17 years ago)
Legend:
- Unmodified
- Added
- Removed
- Modified
-
openEHR Models, Archetypes and Biomedical Ontologies
v2 v3 41 41 42 42 openEHRの歴史において、我々はオントロジーについて多くを学び、openEHRアーキテクチャーの根底にある理にかなった分析をほどこした。今こそ、我々がなしていた作業を人々にも共有してもらい、さらに進展させるための方法を探ってもらう時である。 43 43 44 During the history of openEHR its authors learned much about ontology, and made what we believe is a reasonable analysis underlying parts of the openEHR architecture. Now it is time to get people with a lot more experience in this area to have a look at what we have done, and to show us how to improve. 44 45 … … 60 61 背景 61 62 Background 63 62 64 オントロジーとは何か? そして何故それが大切なのか? 65 63 66 What are Ontologies and why do we care? 64 67 65 68 オントロジーとは、現実世界の出来事を記述するための形式的な手法である。オントロジーは主に次の2つの目的のために利用される。a)人々や計算機が同じ事実を同じものとして合意する、b) 個々の事実(例えば、患者Aの血圧は慢性的に高いこと)を分類する(患者Aは高血圧患者である)ことで計算機による推論を可能にし、結果としてこの患者の持つ複数の事実を一個のカテゴリー(脳卒中の高リスク群)に分類する。このような推論が可能となる。 69 66 70 Ontologies are formalised ways of describing aspects of the real world. They are used for two main purposes: a) so that multiple people and computers can agree on the same facts and b) so that computerised inferencing can be performed, usually based on classifying individual facts (patient A has chronically raised blood pressure) in categories (hypertensive person) so as to access facts of the category (increased risk of stroke) relevant to the individual. Many other kinds of reasoning can be done. 67 71 … … 70 74 There is much work going on in ontologies around the world, including in biomedical ontologies. Most of the work is designed with computer-based reasoning on facts e.g. recorded in patient data in mind. One of the challenges of ontological models is that to work, the data on which inferencing is to be done using the ontology must themselves have a meaning consistent with the ontology. In practical terms this means that the information model(s) of the data must be consistent with the ontologies, in other words, if the data record a 'allergy' for a patient, this has the same meaning as 'allergy' does in the ontology. However, this is often not the case due to poorly defined terms; 'allergy' might have been used to mean 'an allergic reaction' or 'a diagnosed allergy. 71 75 72 オントロジーはソフトウェアのなかにも存在するものである。しかしながら今までのICT教育がモデル(すなわちプログラミングにおけるクラスやオブジェクトやERモデルなど)のなかにセマンティクスが内包されていることを十分に教育してこな ったため、ほとんどのソフトウェア開発者はこの事実を知らない。にもかかわらず、どんなモデル設計者やプログラマーも、コードを書いたり、UMLでモデル化したり、スキーマを作ったりしているときには知識を概念として表現するためのなんらかのオントロジーを構築しているのである。ソフトウェアにおけるモデルは、そもそもオントロジーとして理解されなければならない。なぜならばそれらのモデルはモデル化の対象となる概念に言及しているからである。それはプログラミング言語の基本的なデータ型(整数や真理値など)についても該当する。76 オントロジーはソフトウェアのなかにも存在するものである。しかしながら今までのICT教育がモデル(すなわちプログラミングにおけるクラスやオブジェクトやERモデルなど)のなかにセマンティクスが内包されていることを十分に教育してこなかったため、ほとんどのソフトウェア開発者はこの事実を知らない。にもかかわらず、どんなモデル設計者やプログラマーも、コードを書いたり、UMLでモデル化したり、スキーマを作ったりしているときには知識を概念として表現するためのなんらかのオントロジーを構築しているのである。ソフトウェアにおけるモデルは、そもそもオントロジーとして理解されなければならない。なぜならばそれらのモデルはモデル化の対象となる概念に言及しているからである。それはプログラミング言語の基本的なデータ型(整数や真理値など)についても該当する。 73 77 74 78 Ontologies also exist in software, although most software developers have no idea of this, due to the failure so far of mainstream ICT education to take account of semantics within technical models (i.e. 'class', 'object' or E-R models in the programming sense). Nevertheless, everytime any 'modeller' or programmer creates code, a UML model or an information schema, they are creating some kind of ontology, usually of informational concepts. Software models should be understood as ontologies, because they make commitments to certain flavours of the concepts they model - including the base data types (Integer, Boolean etc) of programming languages. … … 96 100 * 'ontologies of information' - ontologies whose subject matter is information of any kind - i.e. utterances committed to a medium. Concepts undelying such an ontology are likely to have to do with the process of investigating, recording, reporting or similar ideas. 97 101 98 このような区別を設けた理由は、もし何かが記録された場合に記録されたものがどのように表示されるかが問題となるからである。 102 このような区別を設けた理由は、もし何かが記録された場合に記録されたものがどのように形式を持つかが問題となるからである。 103 99 104 We draw this distinction because as soon as something s recorded, there is a question of what the recorded form looks like: 100 105 101 106 * 記録されたものの実体はどのような型を持つか(すなわち、それはメモであるか、何らかの結果であるか、それとも診断名であろうか) 102 107 * 記録された情報はどのような構造を持つか? 例えば出産のような出来事は明らかに様々な構造を持ちうる。 103 * 情報の項目は互いにどのような関係を持つであろうか? この文書では「こ こも参照」とか「詳細はこちら」などは意味が通じるだろうが、現実に報告された情報においてはそうではないだろう。108 * 情報の項目は互いにどのような関係を持つであろうか? この文書では「こちらも参照」とか「詳細はこちら」などは意味が通じるだろうが、現実に報告された情報においてはそうではないだろう。 104 109 105 110 * what types of recorded entities are there (e.g. notes, results, diagnoses) … … 120 125 121 126 Ontologies of the first kind are therefore just as important. In our opinion, it is not yet clear how they inter-relate.... 127 122 128 [top] 123 129 経緯 130 124 131 Some History 132 125 133 現時点では、我々はまだ医療情報分野におけるオントロジーについて包括的な概観を提供するつもりはない。しかしながら、最近数年のあいだになされたオントロジーに関する重要な成果をここで言及することは意味がある。 126 134 … … 134 142 * 2003: Tange et al proposed a synthesis of the POMR, Elstein and 'conversation for action;' theory [ref] 135 143 * Practical approaches: 136 o1998- : the Danish G-EPJ ('EPJ' = 'EHR'), which described a cycle very similar to the one used in openEHR [ref]137 o2001-3: the Australian GeHR (Good electronic Health Record) project, an approach that introduced formal 'archetypes' [ref]138 o2005- : the Swedish Samba project distinguished 3 kinds of interlinked process: clinical, management and communication [ref]144 * 1998- : the Danish G-EPJ ('EPJ' = 'EHR'), which described a cycle very similar to the one used in openEHR [ref] 145 * 2001-3: the Australian GeHR (Good electronic Health Record) project, an approach that introduced formal 'archetypes' [ref] 146 * 2005- : the Swedish Samba project distinguished 3 kinds of interlinked process: clinical, management and communication [ref] 139 147 * Act-based approaches: 140 o1992: RICHE consortium devised a method of representing health information in terms of acts carried out in the care delivery process [ref]141 o1993- : The HL7v3 RIM (reference information model) is a current approach that attempts to represent health information as acts. [ref]148 * 1992: RICHE consortium devised a method of representing health information in terms of acts carried out in the care delivery process [ref] 149 * 1993- : The HL7v3 RIM (reference information model) is a current approach that attempts to represent health information as acts. [ref] 142 150 * Medical terminologies: all medical terminologies with any structure whatever are ontologies of some kind, whether they think they are or not, including: 143 oMeSH144 oICDx145 oRead codes146 oSNOMED CT147 oLOINC148 oand many others151 * MeSH 152 * ICDx 153 * Read codes 154 * SNOMED CT 155 * LOINC 156 * and many others 149 157 150 158 [top] … … 163 171 * The NCBO (National Centre for Biomedical Ontology) OCI - the ontology of clinical investigation [home page]; [visual schematic]; 164 172 * The OBO - Open Biomedical Ontologies [home page]; the OBO Foundry (where the actual ontologies are); most of these appear to be 'ontologies of reality', although the following ones seem to be about information: 165 oOntology for biomedical investigations (OBI)166 oEvidence codes173 * Ontology for biomedical investigations (OBI) 174 * Evidence codes 167 175 * The Basic Formal Ontology (BFO) [home page] (an ontology of reality), incorporating: 168 oSNAP, an ontology of substantial entities, tropes (their qualities and functions) and spatial regions169 oSPAN, an ontology of process, temporal and spatio-temporal regions170 oThe paper "Biodynamic Ontology: Applying BFO in the Biomedical Domain" by Grenon, Smith and Goldberg is a good introduction to BFO in the biomedical domain. [ref]176 * SNAP, an ontology of substantial entities, tropes (their qualities and functions) and spatial regions 177 * SPAN, an ontology of process, temporal and spatio-temporal regions 178 * The paper "Biodynamic Ontology: Applying BFO in the Biomedical Domain" by Grenon, Smith and Goldberg is a good introduction to BFO in the biomedical domain. [ref] 171 179 172 180 [top]
