Changes between Version 2 and Version 3 of Archtectural Overview Terminology


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Nov 6, 2007, 4:14:21 PM (13 years ago)
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haru
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  • Archtectural Overview Terminology

    v2 v3  
    66
    77openEHRのアーキタイプは、医療及び関連データの意味を定義するための強力な方法を提供し、データをLOINC、ICDx、ICPC、SNOMED-CT等の認知された用語体系やヘルスケアで用いられるその他の多数の用語体系や語彙に接続し、"バインド"する。用語体系は、openEHRにおいて以下の方法で用いられる。
    8 ·       リファレンス・モデルにおけるコード化された属性値は、"opneEHR"用語体系によって定義される。
    9 ·       各アーキタイプは、それぞれの内部用語体系を包含しており、各構成要素の意味を定義づける。
    10 ·       外部用語体系へのバインドをアーキタイプに含めることが可能であり、用語への直接のマッピングや、特定の値集合を返すクエリへのマッピングが許容される。
    11 ·       外部用語体系を用いるEHRクエリは、アーキタイプのバインドによってサポートされる。
     8  * リファレンス・モデルにおけるコード化された属性値は、"opneEHR"用語体系によって定義される。
     9  * 各アーキタイプは、それぞれの内部用語体系を包含しており、各構成要素の意味を定義づける。
     10  * 外部用語体系へのバインドをアーキタイプに含めることが可能であり、用語への直接のマッピングや、特定の値集合を返すクエリへのマッピングが許容される。
     11  * 外部用語体系を用いるEHRクエリは、アーキタイプのバインドによってサポートされる。
    1212以下のセクションでこれらの機構を記述する。
    13 ·       The values of coded attributes in the reference model are defined by an "openEHR" terminology.
    14 ·       Each archetype contains its own internal terminology, defining the meaning of each element.
    15 ·       Bindings to external terminologies can be included in an archetype, allowing direct mappings to terms, or mappings to queries that return specific value sets.
    16 ·       Querying the EHR using external terminologies is supported by archetype bindings.
     13
     14openEHR archetypes provide a powerful way to define the meaning of clinical and related data, and to connect, or "bind", data to recognised terminologies such as LOINC, ICDx, ICPC, SNOMED-CT and the many other terminologies and vocabularies used in healthcare. Terminology is used in openEHR in the following ways:
     15  * The values of coded attributes in the reference model are defined by an "openEHR" terminology.
     16  * Each archetype contains its own internal terminology, defining the meaning of each element.
     17  * Bindings to external terminologies can be included in an archetype, allowing direct mappings to terms, or mappings to queries that return specific value sets.
     18  * Querying the EHR using external terminologies is supported by archetype bindings.
    1719The following sections describe these features.
    1820
     
    2931For other coded attributes, such as PARTICIPATION.function in the reference model, the openEHR terminology takes the more orthodox route in terminology design, and defines value sets in groups using meaningless codes and rubrics. These attributes are always of type DV_CODED_TEXT; the code itself is contained within the defining_code attribute.
    3032
    31 openEHR用語体系は、openEHR用語体型ドキュメント1中に記述されており、openEHR用語体系ページ2にはコンピュータ処理向けの表現も利用可能となっている。
     33openEHR用語体系は、openEHR用語体型ドキュメント[[FootNote(1)]]中に記述されており、openEHR用語体系ページ[[FootNote(2)]]にはコンピュータ処理向けの表現も利用可能となっている。
    3234
    3335The openEHR terminology is described in the openEHR Terminology document1, with computable expressions available at the openEHR terminology page2.
     
    3840
    3941アーキタイプは、それ自身のローカルな用語体系を保有している(アーキタイプの'オントロジー'セクションに見出せる)。内部的な用語集合の使用は、用語に構造(すなわちリレーション)が存在せず、シノニムが重要でない場合には適切である。従って、小規模な用語のフラット・リストに限定して使用される。アーキタイプに内蔵される用語の有用性は、上述のコンピュータ処理の効率性を別にして、以下の通りである。
    40 ·       クエリをアーキタイプのみに基づいて行うことができ、ターミノロジー・サーバーの仲介を要さない。
    41 ·       用語の解釈は明確にセマティック(thematic)な文脈内で行われ(なぜならどのアーキタイプも特定のトピックに関するものであるから)、それゆえに格段に正確であると言える。
    42 ·       アーキタイプで要求される用語の多くは、巨大な用語体系にも含まれていない。
    43 ·       用語体系を共有していない人でもアーキタイプに基づいてデータを共有できる。
     42  * クエリをアーキタイプのみに基づいて行うことができ、ターミノロジー・サーバーの仲介を要さない。
     43  * 用語の解釈は明確にセマティック(thematic)な文脈内で行われ(なぜならどのアーキタイプも特定のトピックに関するものであるから)、それゆえに格段に正確であると言える。
     44  * アーキタイプで要求される用語の多くは、巨大な用語体系にも含まれていない。
     45  * 用語体系を共有していない人でもアーキタイプに基づいてデータを共有できる。
    4446
    4547Archetypes contain their own local terminology (found in the `ontology' section of an archetype). The use of internal term sets is appropriate when there is no structure to the terms (ie no relationships) and when synonyms are not important. Thus, the use is limited to small flat lists of terms. The advantages of the terms being internal to the archetype, apart from computational efficiency mentioned above, are:
    46 ·       Queries can be based on archetypes alone and do not require interacting with a terminology server;
    47 ·       Translation of the terms is made within an explicit thematic context (since every archetype is about a specific topic) and is therefore far more likely to be accurate;
    48 ·       Many terms required in archetypes are not available even in very large terminologies;
    49 ·       People can share data based on archetypes even if they do not share terminologies.
     48  * Queries can be based on archetypes alone and do not require interacting with a terminology server;
     49  * Translation of the terms is made within an explicit thematic context (since every archetype is about a specific topic) and is therefore far more likely to be accurate;
     50  * Many terms required in archetypes are not available even in very large terminologies;
     51  * People can share data based on archetypes even if they do not share terminologies.
    5052
    5153だが、自動処理の利点を最大限に享受するには、多くのアーキタイプが外部用語体系に接続する必要があることは明白である。これについては次のセクションに記述する。
     
    5456
    5557内部用語体系は、アーキタイプ構造の各ノードのセマンティックな定義である{code, text, description} の集合という形式をとる。これらの各用語は、"at"(archetype term)コード(たとえば[at0012])で定義される。アーキタイプ内でローカルに定義される各コードは、2つの目的のうちいずれかのために用いられる。
    56 ·       アーキタイプのデータノードをセマンティックに識別する(すなわちデータの"名前") 、もしくは
    57 ·       枝葉属性の値集合を与える、のいずれか。
     58  * アーキタイプのデータノードをセマンティックに識別する(すなわちデータの"名前") 、もしくは
     59  * 枝葉属性の値集合を与える、のいずれか。
    5860
    5961The internal terminology takes the form of a set of {code, text, description} semantic definitions for each node of the archetype structure. Each such term is identified by an "at" (archetype term) code, e.g. [at0012]. Each code defined locally in an archetype is used for one of two purposes:
    60 ·       either to semantically identify the data nodes of the archetype (i.e. to "name" the data), or
    61 ·       to provide value-sets for leaf attributes.
     62  * either to semantically identify the data nodes of the archetype (i.e. to "name" the data), or
     63  * to provide value-sets for leaf attributes.
    6264
    63 たとえば、"アプガー結果"3 アーキタイプのローカル・コードは、"1分後事象"や"2分後事象"といった用語を含むであろう。これらのコードは、アーキタイプの'definition'パート内でレファレンス・モデルのノードと関連づけられている。アプガーの例では、2つのコード(すなわち [at0003] と [at0026]) は、図34に示すように、リファレンス・モデルの型であるEVENT (rm.data_structures.history パッケージ)にマッピングされるであろう。アーキタイプ・パスのベースとなるのは、このマッピングなのである。アーキタイプ・パスとは、単にリファレンス・モデルの属性名やノード・コードの代替パターンである。
     65たとえば、"アプガー結果"[[FootNote(3)]] アーキタイプのローカル・コードは、"1分後事象"や"2分後事象"といった用語を含むであろう。これらのコードは、アーキタイプの'definition'パート内でレファレンス・モデルのノードと関連づけられている。アプガーの例では、2つのコード(すなわち [at0003] と [at0026]) は、図34に示すように、リファレンス・モデルの型であるEVENT (rm.data_structures.history パッケージ)にマッピングされるであろう。アーキタイプ・パスのベースとなるのは、このマッピングなのである。アーキタイプ・パスとは、単にリファレンス・モデルの属性名やノード・コードの代替パターンである。
    6466
    6567For example, the local codes in an "Apgar result"3 archetype could contain terms for "1 minute event" and "2 minute event". These codes are associated with the reference model nodes within the `definition' part of the archetype. In the Apgar example, the two codes (say [at0003] and [at0026]) will be mapped to nodes of reference model type EVENT (rm.data_structures.history package), as shown in FIGURE 34. It is this mapping that is the basis for archetype paths: an archetype path is simply the alternating pattern of reference model attribute names and node codes.
     68
     69[[Image(terminology2.gif)]]
    6670
    6771ローカル・コードの2つ目の用途は、値としてである。図34で、コード [at0005] で識別されるELEMENTノードは、0、1または2という値の制約のあるORDINAL型を持っている。これらの各値は、コード [at0006]、[at0007] 及び [at0008] によって与えられる。アーキタイプ・オントロジーからこれらの用語が抽出される様子を図35に示す。
    6872
    6973The second use of local codes is as values. In FIGURE 34, the ELEMENT node identified by code [at0005] has as its value constraint an ORDINAL type whose values can be 0, 1, or 2. Each of these values is coded by the codes [at0006], [at0007], and [at0008]. An extract of the archetype ontology showing these terms is shown in FIGURE 35.
     74
     75[[Image(terminology3.gif)]]
    7076
    7177== 12.4 外部用語体系のバインド ==
     
    8995Binding Terminology Value-sets to Archetypes
    9096
    91 用語体系に関する重要な要求事項は、アーキタイプ内で定義される属性の値集合を特定することである。しばしば値集合はアーキタイプ内でローカルに定義されるが、これは用語が公開された用語体系中で利用可能ではないからであり、カプセル化の欠如のためにその場で定義することはどのような場合でも困難に過ぎるであろう。たとえば"ない"、"弱々しく泣く"、"強く泣く"といった用語は、アプガー結果4の"呼吸"属性の値として認知されている。アプガー/呼吸の文脈において、意味は明確であるけれども、SNOMED-CTのような用語体系内のこうした指標を伴う用語は明らかに結合済みである必要があろう。さらに重要なことは、SNOMED用語を"ない"に対してマッピングすることには、ほとんど実用上の価値がないと思われることである。なぜなら、 "ない"を含む項目に対するクエリなど、医療の文脈ではおよそ役に立たないからである。
     97用語体系に関する重要な要求事項は、アーキタイプ内で定義される属性の値集合を特定することである。しばしば値集合はアーキタイプ内でローカルに定義されるが、これは用語が公開された用語体系中で利用可能ではないからであり、カプセル化の欠如のためにその場で定義することはどのような場合でも困難に過ぎるであろう。たとえば"ない"、"弱々しく泣く"、"強く泣く"といった用語は、アプガー結果[[FootNote(4)]]の"呼吸"属性の値として認知されている。アプガー/呼吸の文脈において、意味は明確であるけれども、SNOMED-CTのような用語体系内のこうした指標を伴う用語は明らかに結合済みである必要があろう。さらに重要なことは、SNOMED用語を"ない"に対してマッピングすることには、ほとんど実用上の価値がないと思われることである。なぜなら、 "ない"を含む項目に対するクエリなど、医療の文脈ではおよそ役に立たないからである。
    9298
    9399An important requirement with respect to terminology is that of specifying value sets for attributes defined in archetypes. Sometimes value sets are defined locally within the archetype, because the terms are not available in published terminologies, and in any case may be too hard to define therein, due to the lack of encapsulation. The terms "no effort", "moderate effort" and "crying" for example are recognised values for the "breathing" attribute of an Apgar result4. In the context of Apgar / breathing, the meanings are clear; clearly however a term with this rubric within a terminology like SNOMED-CT would need to be pre-coordinated. More importantly, there seems to be little business value in mapping a SNOMED term for "no effort", since a query for items containing "no effort" is unlikely to be useful in a clinical context.
     
    96102
    97103For many other kinds of attributes however, terminologies are an appropriate source of values. Often such attributes define kinds of real world phenomena, such as kinds of disease and blood groups, rather than qualities of a phenomenon such as "no effort", or "blue". For these attributes a different kind of connection to external terminology is required. This is achieved in a similar way as for single code bindings: an internal code is defined, in this case an "ac" code ("ac" = archetype constraint), and this is bound to queries to one or more external terminologies, whose result would be a (possibly structured) value set from that terminology. The logical scheme is illustrated in FIGURE 36, where he attribute value to be coded is "blood group phenotype".
     104
     105[[Image(terminologya.gif)]]
    98106
    99107現時点では、このようなクエリに対する標準は存在しない。このことは、アーキタイプに対して直接影響しない。なぜなら、アーキタイプは単にクエリのための識別子を保持しているだけであり、クエリ自体は"ターミノロジー・クエリ・サーバー"内で定義されるからである。このクエリの結果は、図36の下方に示されるように、血液型のリストとなる。
     
    122130However, even if the archetype had not restricted the value in this way, the same query which searched for any "adenocarcinoma" term at the same path could reasonably be used to locate "previous diagnoses of adenocarcinoma", since this is the only use of the archetype. In a similar way, archetype path-based querying can be used to distinguish the other potential ambiguities described in section 6.4 on page 29.
    123131
    124 1http://svn.openehr.org/specification/TRUNK/publishing/architecture/terminology.pdf
     132[[FootNote(1)]] http://svn.openehr.org/specification/TRUNK/publishing/architecture/terminology.pdf
    125133
    126 2http://svn.openehr.org/specification/TRUNK/publishing/architecture/computable/terminology/terminology.html
     134[[FootNote(2)]] http://svn.openehr.org/specification/TRUNK/publishing/architecture/computable/terminology/terminology.html
    127135
    128 3アプガーは、新生児の健康状態についての基本的な尺度であり、出生後2~3回にわたり計測され、0~10点のスコアで与えられる。
     136[[FootNote(3)]] アプガーは、新生児の健康状態についての基本的な尺度であり、出生後2~3回にわたり計測され、0~10点のスコアで与えられる。
    129137
    130 4アプガー・アーキタイプについては、以下を参照
     138[[FootNote(4)]] アプガー・アーキタイプについては、以下を参照
    131139http://svn.openehr.org/knowledge/archetypes/dev/html/en/openEHR-EHR-OBSERVATION.apgar.v1.html
    132140